Strategię oraz założenia Polskiej Encyklopedii Nauki stanowić będą prace różnych autorów (współautorów). Wstępnie zaplanowane zostały następujące działy (dziedziny): biologia, chemia, fizyka, matematyka, ekonomia, nauki o żywieniu, psychologia, elektronika. Nie obejmuje to całości dziedzin naukowych. Brakuje geologii, geografii, nauki o ziemi (paleontologia w dużej części znaleźć się może w naukach biologicznych), medycyny oraz rolnictwa (dwie ostatnie można uważać jako efekty rozwoju nauk biologicznych, nauki stosowane, zatem można najważniejsze hasła, związane z tymi dyscyplinami, umieścić w tomach dotyczących biologii).
Zgodnie z nowym podziałem na dziedziny nauki, wyartykułowanym w rozporządzeniu (Rozporządzenie Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego z dnia 20 września 2018 r. w sprawie dziedzin nauki i dyscyplin naukowych oraz dyscyplin artystycznych), nawiązującym do najnowszej Ustawy z dnia 20 lipca 2018 r. Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce (Ustawa 2.0), dział Biologia w planowanej Polskiej Encyklopedii Nauki odnosi się do dziedziny nauk ścisłych i przyrodniczych – dyscyplina naukowa „nauki biologiczne” oraz dyscyplina naukowa „nauki o Ziemi i środowisku”. Ponadto warto zawrzeć treści odnoszące się do dziedziny nauk rolniczych, w szczególności dyscyplin naukowych; „nauki leśne, „rolnictwo i ogrodnictwo” oraz „zootechnika i rybactwo”.
Pomysł Polskiej Encyklopedii Nauki jest kontynuacją realizowanego cyklu wydawniczego pod nazwą Wielka Encyklopedia Prawa (encyklopedia artykułowo-hasłowa). Wspominania Encyklopedia Prawa, wydana w kilkunastu tomach, podaje aktualny stan wiedzy i uwzględnia najnowsze ustalenia w danej kwestii. Wszystkie fakty, daty, liczby, tytuły i nazwy musiały być przez autora hasła sprawdzone. Styl tej encyklopedii, zgodnie z założeniami, jest zwięzły i komunikatywny. Przyjęto zwięzły opis i narrację, unikając nadmiernego skracania zdań, kończenie wszystkich zdań kropką, stosowanie jednolitego czasu w haśle itd. W zawartości przewidziano większość haseł rzeczowych, a uwzględniono tylko nieliczne hasła biograficzne. Taką koncepcję warto utrzymać również w Polskiej Encyklopedii Nauki, część Biologia, z zaznaczeniem, że należy umieścić sporo rysunków, schematów oraz fotografii, najlepiej barwnych. Zestaw haseł powinien obejmować wszystkie hasła główne i odsyłaczowe do danego tomu. Hasła odsyłaczowe mogą być dwojakiego rodzaju: od oboczności i synonimów do hasła głównego, od skrótowca do pełnej główki hasła.
Encyklopedia, stanowiąca próbę zabrania całości wiedzy w danej dziedzinie i dyscyplinie, traktowana powinna być jako wtórne źródło wiedzy, to znaczy bez wprowadzania nowych, oryginalnych treści a jedynie zbierając te już funkcjonujące w nauce. Wszystkie zamieszczone w encyklopedii pojęcia, terminy, teorie, hipotezy, gatunki i inne obiekty biologiczne (struktury, elementy itd.), wcześniej musiałyby się już pojawić się w publikacjach naukowych i książkach.
